Niewielka grupa osób z zespołem Aspergera jest również dotknięta chorobą maniakalno-depresyjną lub „chorobą dwubiegunową”. Czasami konieczne jest leczenie wahań nastroju litem. Podobnie jak w przypadku leków przeciwpadaczkowych, zasady opracowane dla leczenia choroby maniakalno-depresyjnej na ogół mają również zastosowanie w przypadku zespołu Aspergera. Z mojego doświadczenia wynika, że dążenie do rutynowych czynności i rytuałów związanych z zespołem Aspergera może czasami być bardzo pomocne w zapewnieniu dobrego przestrzegania raczej rygorystycznego programu leczenia litem.