Około 25% dorosłych z zespołem Aspergera ma również wyraźne objawy kliniczne zaburzenia obsesyjno-kompulsywnego (Russell i wsp. 2005). W OCD osoba ma natrętne myśli, o których nie chce myśleć: myśli są określane jako egodystoniczne, tj. niepokojące i nieprzyjemne. U typowych ludzi natrętne myśli często dotyczą czystości, agresji, religii i seksu. Doświadczenie kliniczne i badania naukowe wskazują, że obsesyjne myśli dzieci i dorosłych z zespołem Aspergera znacznie częściej dotyczą czystości, zastraszania, dokuczania, popełniania błędów i bycia krytykowanym niż inne kategorie natrętnych myśli . Okresy podatności na rozwój OCD w populacji ogólnej iu osób z zespołem Aspergera to okres od 10 do 12 lat do wczesnych lat dorosłości. Leczenie OCD jest połączeniem psychoterapii, takiej jak terapia poznawczo-behawioralna (CBT) i leków. Czasami rodzice opisują szczególne zainteresowanie danej osoby jako „obsesję”, co sugeruje diagnozę OCD, ale istnieje wyraźna różnica jakościowa między zainteresowaniem a obsesją kliniczną. Osoba z zespołem Aspergera wyraźnie cieszy się zainteresowaniem: nie jest on egodystoniczny, a zatem niekoniecznie wskazuje na OCD. Kompulsje to sekwencja czynności i rytuałów, zwykle o powtarzalnym charakterze, mających na celu zmniejszenie poziomu lęku. Może to obejmować czynności, takie jak mycie rąk, aby zapobiec skażeniu przez zarazki lub kilkakrotne sprawdzanie, czy wszystkie przełączniki elektryczne w domu są w pozycji wyłączonej. Typowe zachowanie dzieci z zespołem Aspergera obejmuje czynności powtarzalne lub kompulsywne. Może to obejmować upewnienie się, że przedmioty są ustawione w linii lub symetrycznie, gromadzenie i liczenie przedmiotów lub rytuał, który należy wykonać, zanim dziecko zasnie. Chociaż są to znane cechy zespołu Aspergera, dodatkową diagnozę OCD stawia się, gdy intensywność lub stopień ekspresji wykracza poza oczekiwania osoby z zespołem Aspergera i osiąga znaczenie kliniczne. Klinicznie istotna jest jednak subiektywna decyzja psychologa lub psychiatry.