Problemy z koordynacją ruchową są typowe dla zespołu Aspergera i zostały podkreślone we wczesnych pracach samego Aspergera. Nadal niewiele jest dowodów na poparcie tezy, że funkcje motoryczne są „uszkodzone”. Niemniej jednak osoby z zespołem Aspergera często mogą zostać zauważone ze względu na ich szczególne, a czasem bardzo dziwne, zdolności motoryczne. Ich chód może być hipotoniczny, niezgrabny lub sztywny, często bez towarzyszącego ruchu ramion. Drobne ruchy motoryczne mogą być niezdarne i źle skoordynowane, szczególnie w sytuacjach towarzyskich. Niektórzy z tych, którzy wydają się być najbardziej niezdarni, potrafią zadziwiająco dobrze wykonywać czynności, do których są bardzo zmotywowani i dobrze wyszkoleni. Dla zdecydowanej większości duży problem stanowi jednak ogólna wydajność silnika. Wydaje się, że dzieje się tak niezależnie od tego, czy istnieje motywacja, czy nie. Mogą pojawić się problemy z nauką jazdy na rowerze (wielu nie potrafi tego zrobić w wieku 10 lat), pływania, łapania piłki, kopania piłki we właściwym kierunku. Wykonywanie dużych czynności motorycznych w grupie może być jeszcze bardziej kłopotliwe. Wiele osób czuje się „głupio” podczas zajęć wychowania fizycznego w szkole. Niektórym może uda się kopnąć piłkę w pojedynkę, ale całkowicie zgubią się na boisku piłkarskim. Wiele z nich z zespołem Aspergera miało wyraźne stereotypowe ruchy we wczesnym dzieciństwie. Większość z nich zniknie do późnego dzieciństwa. Jednak nadal mogą istnieć pewne stereotypy, takie jak nadmiernie wyciągnięte palce blisko ust, mocno trzymane i drżące pięści lub minimalne trzepotanie rękami, które mogą wystąpić, gdy jesteś podekscytowany. Podekscytowanie jest często pozytywne, ale pewne stereotypy pojawiają się również wtedy, gdy pojawia się niespokojne oczekiwanie lub zmartwienie. Stereotypie w zespole Aspergera rzadko są tak wyraźne, jak w klasycznych odmianach autyzmu. Dzieci w wieku szkolnym z zespołem Aspergera często dowiadują się, że inni ludzie uważają stereotypie za coś odbiegającego od normy i dlatego aktywnie starają się je „ukrywać”. Wiele dzieci z zespołem Aspergera rozwija tiki w wieku szkolnym. Tiki nie są częścią zespołu, ale są tak powszechne i czasami tak trudne do odróżnienia od stereotypii i innych problemów motorycznych w zespole Aspergera, że mogą powodować znaczne różnice diagnostyczne. Katatonia to kolejne zjawisko ruchowe, które czasami staje się poważnym problemem w okresie przed okresem dojrzewania. Jednak nie jest to część „zwykłych” problemów z kontrolą motoryczną występujących w zespole Aspergera. Najczęstszym okresem jego wystąpienia jest okres dojrzewania.