Niezdarność była szczególnie dobrze widoczna na lekcjach wychowania fizycznego. Nigdy nie był w stanie kołysać się z rytmem grupy. Jego ruchy nigdy nie rozwijały się naturalnie i spontanicznie – a więc przyjemnie – z właściwej koordynacji ruchowej– Hans Asperger ([1944])
O ile osoby z zespołem Aspergera mają inny sposób myślenia, mogą też mieć inny sposób poruszania się. Podczas chodzenia lub biegania koordynacja dziecka może być niedojrzała, a dorośli z zespołem Aspergera mogą mieć dziwny, czasem idiosynkratyczny chód, któremu brakuje płynności i wydajności. Przy uważnej obserwacji może wystąpić brak synchronizacji w ruchu rąk i nóg, zwłaszcza gdy osoba biega. Rodzice często informują, że dziecko opóźniło się o miesiąc lub dwa w nauce chodzenia i potrzebowało znacznych wskazówek w czynnościach edukacyjnych, które wymagały zręczności manualnej, takich jak wiązanie sznurowadeł, ubieranie się i używanie jedzenia naczynia. Nauczyciele mogą zauważyć problemy z umiejętnościami motorycznymi, takimi jak umiejętność pisania i posługiwania się nożyczkami. Może to również mieć wpływ na czynności wymagające koordynacji i równowagi, takie jak nauka jazdy na rowerze, jazdy na łyżwach lub używania hulajnogi. Dzieci, a czasem dorośli z zespołem Aspergera, mogą mieć trudności ze zrozumieniem, gdzie znajduje się ich ciało w przestrzeni, co często może powodować potykanie się, wpadanie na przedmioty i rozlewanie napojów. Ogólny wygląd może być osobą niezdarną. Problemy z ruchem i koordynacją mogą być oczywiste dla nauczyciela wychowania fizycznego (WF) i innych dzieci podczas zajęć WF i sportu oraz podczas zabaw na placu zabaw, które wymagają umiejętności gry w piłkę. Dziecko z zespołem Aspergera może być niedojrzałe w rozwoju umiejętności łapania, rzucania i kopania piłki . Podczas łapania piłki dwiema rękami ruchy ramion są często słabo skoordynowane i mają problemy z wyczuciem czasu; tzn. ręce zamykają się we właściwej pozycji, ale o ułamek sekundy za późno. Dziecko zbyt długo zastanawiało się, co robić. Podczas rzucania piłką dzieci z zespołem Aspergera często nie patrzą w kierunku celu przed rzuceniem, co wpływa na ich celność. Jedną z konsekwencji braku sukcesu lub popularności w grach w piłkę jest wykluczenie dziecka z niektórych gier towarzyskich na placu zabaw. Takie dzieci mogą zdecydować się na aktywne unikanie tych czynności, wiedząc, że nie są tak zdolne, jak ich rówieśnicy. Jednak gdy odważnie próbują dołączyć do aktywności, mogą zostać celowo wykluczone przez inne dzieci, ponieważ są postrzegane jako zobowiązanie, a nie atut zespołu. W związku z tym dzieci z zespołem Aspergera są mniej zdolne do poprawy umiejętności gry w piłkę, ćwicząc z rówieśnikami. Od najmłodszych lat rodzice muszą uczyć i ćwiczyć umiejętności gry w piłkę, nie po to, aby ich dziecko stało się wyjątkowym sportowcem, ale aby zapewnić mu podstawowe kompetencje, które pozwolą mu włączyć się do popularnych gier w piłkę rówieśników. Interesujące jest jednak to, że niektóre dzieci z zespołem Aspergera mają lepszą koordynację i płynność ruchu podczas pływania, rozwijają niezwykłą zwinność podczas korzystania z trampoliny, uzyskują koordynację poprzez ćwiczenia w sportach samotnych, takich jak golf, które mogą stać się przedmiotem szczególnego zainteresowania oraz cieszyć się zajęciami rekreacyjnymi, takimi jak jazda konna. Może to być na poziomie przed rówieśnikami. Umiejętności ruchowe można ocenić poprzez obserwację i szereg standaryzowanych testów, które mierzą określone zdolności ruchowe. Naiwny obserwator ma wrażenie niezdarności u większości dzieci z zespołem Aspergera, ale kilka badań z zastosowaniem specjalistycznych procedur oceny wykazało, że specyficzne przejawy zaburzeń ruchowych występują u prawie wszystkich dzieci z zespołem Aspergera. Tak więc Christopher Gillberg umieścił niezdarność ruchową jako jedno ze swoich sześciu kryteriów diagnostycznych .W przeciwieństwie do tego, kryteria Petera Szatmariego i współpracowników, kryteria DSM-IV Amerykańskiego Towarzystwa Psychiatrycznego oraz kryteria ICD-10 Światowej Organizacji Zdrowia nie odnoszą się bezpośrednio do zdolności ruchowych. Jednak DSM-IV zawiera listę cech związanych z zespołem Aspergera, która obejmuje obecność niezdarności ruchowej i niezręczności, które są stosunkowo łagodne, ale mogą przyczyniać się do odrzucenia rówieśników i izolacji społecznej. Obecnie niezdarność jest uważana za cechę związaną z zespołem Aspergera, ale nie za cechę definiującą w trzech z czterech kryteriów diagnostycznych.